Los bioflóculos están compuestos por una compleja comunidad microbiana, formada no solo por bacterias, sino también por algas, hongos, protozoos, rotíferos y otros organismos. Las comunidades bacterianas del tracto gastrointestinal pueden variar naturalmente entre diferentes sistemas de cultivo. El objetivo de este estudio fue analizar el contenido estomacal del camarón Litopenaeus vannamei cultivado en sistemas de bioflóculos con diferentes porcentajes de inoculación, y describir qué organismos y biomoléculas se encuentran en estos camarones, determinando así el sistema más adecuado según el contenido microbiano. El experimento se llevó a cabo en la Estación Marina de Acuicultura (EMA) del Instituto de Oceanografía de la Universidad Federal de Rio Grande, con cuatro tratamientos y cuatro repeticiones: (I) agua clara (AC); (II) 25% de inóculo de bioflóculo (BF 25%); (III) 50% de inóculo de bioflóculo (BF 50%); y (IV) 100% de inóculo de bioflóculo (BFT 100). En todos los casos se utilizaron inóculos maduros de cultivos anteriores. El desempeño zootécnico de los camarones fue monitoreado semanalmente mediante biometría, y los parámetros físicos y químicos del agua (temperatura, oxígeno disuelto, pH, amoníaco y nitrito) se midieron diariamente. La abundancia de la comunidad microbiana influyó principalmente en la calidad del agua en los tratamientos, lo que puede explicar los diferentes efectos observados. Los tratamientos con bioflóculos lograron mayores tasas de supervivencia que el tratamiento con agua clara. Los microorganismos encontrados en el estómago de camarones cultivados en sistemas con bioflóculos fueron ooquistes, ciliados, flagelados, diatomeas, cocoides libres, formas filamentosas libres y adheridas, bacilos y vibrios, siendo la microbiota estomacal determinada por el medio de cultivo. Por lo tanto, según los resultados obtenidos, la reutilización de bioflóculos en un 25% del volumen total es eficaz para mantener la calidad del agua del sistema y colonizar la microbiota del animal.