Os bioflocos são compostos por uma complexa comunidade microbiana formada não apenas por bactérias, mas também por algas, fungos, protozoários, rotíferos e outros organismos. As comunidades bacterianas do trato gastrointestinal podem diferir naturalmente entre diferentes culturas. Os objetivos deste trabalho foram analisar o conteúdo estomacal do camarão Litopenaeus vannamei em cultivo de bioflocos em diferentes porcentagens de inoculação e descrever quais organismos e biomoléculas são encontrados nos camarões nesses tipos de cultivo, determinando assim o melhor cultivo de acordo com o teor de microrganismos. O experimento foi conduzido na Estação Marinha de Aquacultura (EMA) do Instituto Oceanográfico da Universidade Federal do Rio Grande e foi delineado com quatro tratamentos e quatro repetições: (I) água clara (AC); (II) 25% de inóculo de biofloco (BF 25%); (III) 50% de inóculo de biofloco (BF 50%); e (IV) 100% de inóculo de biofloco (BFT 100). Em todos os casos, foram utilizados inóculos de bioflocos maduros de culturas anteriores. O desempenho zootécnico dos camarões foi monitorado semanalmente por meio de biometria, e os parâmetros físicos e químicos da água (temperatura, oxigênio dissolvido, pH, amônia e nitrito) foram medidos diariamente. A abundância da comunidade microbiana, influencia principalmente a qualidade da água nos tratamentos, podendo explicar os diferentes efeitos das condições. Os tratamentos com bioflocos alcançaram taxas de sobrevivência mais altas do que o tratamento com água limpa. Os microrganismos encontrados no estômago de camarões cultivados em sistema de bioflocos foram oocystes, ciliados, flagelados, diatomáceas, cocoides livres, filamentosas livres e aderidas, bacilos e vibrios, sendo a microbiota do estômago determinada pelo meio de cultura. Portanto, conforme os resultados obtidos no experimento, o reuso de bioflocos no percentual de 25% do volume total é eficaz em manter a qualidade da água do sistema e colonizar a microbiota do animal.